Kirkkovaltuusto on yksittäisen seurakunnan ylin päättävä elin.
Vaaleilla valittavan valtuuston puheenjohtajana toimii maallikko.
Ehdokkaina vaaleissa voivat olla 18 vuotta täyttäneet konfirmoidut seurakunnan jäsenet.
Kirkkovaltuusto päättää seurakunnan toiminnan ja talouden päälinjoista, perittävästä kirkollisverosta, rakennushankkeista ja virkojen perustamisesta.
Valtuusto valitsee myös jäsenet seurakunnan kirkkoneuvostoon.
Kirkkovaltuustoon valitaan Pernajan seurakunnassa 15 luottamushenkilöä.
Ohje- ja johtosäännöllä kirkkovaltuusto voi siirtää päätösvaltaansa kirkkoneuvostolle, sen jaostoille sekä johtokunnille.
Pernajan seurakunnan kirkkovaltuuston jäsenet 2007 -2010
Mia Aitokari, puheenjohtaja
Mikael Nylander, varapuheenjohtaja
Yrsa Backman
Jan-Eric Björkell
Nina Björkman-Nystén
Per-Olof Englund
Satu Hämäläinen
Jonna Hinttaniemi
Katja Korhonen
Irja Murtoniemi
Pia Nyström
Maria Suuronen
Päivi Tennberg
Christoffer Sundberg
Aki Virkki
Varajäsenet
Henry Liljeqvist
Heli Rantanen
Ralf Nordin
Greta Nyström
Hans Blomqvist