Kyrkorådet leder församlingens praktiska verksamhet och förvaltning. Kyrkorådet verkar som beredande och verkställande organ för kyrkofullmäktige. Kyrkorådet tillsätts av kyrkofullmäktige vartannat år.
Till kyrkorådet kan man utse personer som är valbara i församlingsval. En och samma person kan bli invald i både kyrkofullmäktige och kyrkorådet. Som ordförande för kyrkorådet verkar kyrkoherden. Till kyrkorådet väljer man i Pernå församling förutom vice ordförande 10 personer.
Kyrkofullmäktige utser tjänsteinnehavarna, om beslutanderätten inte särskilt har delegerats till kyrkorådet.
Fullmäktige tillsätter direktioner för att bistå rådet. Direktionerna leder församlingens olika arbetsområden och verksamhetsformer.
Kyrkorådet företräder församlingen i myndighetsärenden och ingår avtal och företar andra rättsliga handlingar på församlingens vägnar.
Kyrkorådets medlemmar (suppleanter) 2009
Kyrkoherde Robert Lemberg, ordförande
Nina Björkman-Nystén, vice-ordförande
Henrik Blomqvist (Jan-Eric Björkell)
Maria Boberg (Anne Hovi)
Per-Olof Englund (Aino Mikkanen)
Satu Hämäläinen (Maria Drockila)
Leif Malmberg (Ralf Nordin)
Irja Murtoniemi (Marjo Vuokko)
Christina Rantanen (Katarina Bäcklund)
Heli Rantanen (Päivi Tennberg)
Christoffer Sundberg (Lars Bäcklund)
Aki Virkki (Katja Korhonen)